I alla tider har människor tvingats fly från det outhärdliga mot något annat, kanske bättre. Så är det i dag och så var det för den unga kvinna som med sina barn en vinterdag år 1529 gav sig iväg mot det okända. I drömmen hade hon fått veta att någon väntade där långt borta.
När döden hinner ifatt henne finns drömmen kvar som en vision hos hennes tio år gamla son Johannes. På hans axlar vilar också löftet att ta hand om lillasyster Malin. Tillsammans fortsätter barnen vandringen genom ett Sverige med fogdar och överhet, med människor som stänger sin dörr för det främmande, där det vimlar av rovdjur i skogarna, och hunger och köld är ständiga följeslagare.
Johannes lyckas liksom många av dagens gatubarn runt om i världen överleva i en grym verklighet genom sin påhittighet och intelligens. Barnen får hjälp på vägen av goda människor, av bonden Fale i backstugan, av gycklarna på väg till kungens stad, av mor Helga som kurerar Malin och många andra.
När det äntligen börjar gå mot vår är Johannes ensam sedan Malin tagits om hand på den gård där hon nästa förgåtts i den stora översvämningen. Ännu har han långt att gå, men där borta väntar någon ändå.
Det är en längtan hos en man som även han har en dröm om något som hände för länge sedan. Han tänker inte så ofta på det nu för tiden. Han och hans vän Andreas har fullt upp på det ställe där de sökt sin tillflykt efter att som lekbröder lämnat det förfallna klostret Julita. Kung Gösta har vid det här laget börjat skatta klostren och sätta fogdar över munkarna.
Min namne Johannes är en berättelse om längtan och hopp. Där speglas också motsättningarna och den vånda som fanns hos dem som i ett slag tvingades lämna en tusenårig Gudstro för en annan. De frågade sig hur det var möjligt att Madonnan och Helgonen plötsligt inte är värda någonting. Lilla Malin i berättelsen fortsätter att lita till Jungfrun medan hennes bror för länge sedan har insett att bönerna nog inte hjälper ändå.